根据《道路运输从业人员管理规定》，货运资格证过期三年未年审的处理方式如下：

一、证书失效处理

1. 超过6年未年审

   若货运资格证已超过有效期6年且未办理年审，证件将自动失效，需重新办理。

2. 未超过6年但超过180天

   若未满6年但已超过180天未换证，证件可能被发证机关注销，需重新办理。

二、补证流程

1. 材料准备

   需携带身份证、驾驶证、原货运资格证及1寸照片至发证机关（如运管处）。

2. 办理时效

   需在证书有效期前180天内完成补证手续，避免因逾期导致注销。

三、特殊情况处理

• 遗失或损坏 ：若证件遗失或损坏，需立即向原发证机关申请补发，可选择换证或补发。

• 逾期未处理 ：若逾期未补证，建议联系发证机关说明客观原因，部分情况下可申请重新培训考试获取新证。

总结

货运资格证过期三年未年审将导致证件失效，需根据剩余有效期及时补证。建议提前30天联系发证机关办理相关手续，避免影响运输业务。