河南理科540分可以报考的大学包括郑州大学、河南大学、河南理工大学等，具体排名和选择需结合考生兴趣和学校特色进行权衡。

一、重点大学推荐

1. 郑州大学：河南省内排名第一的“双一流”大学，综合实力强，专业覆盖面广，适合追求学术研究或综合发展的考生。
2. 河南大学：历史悠久的百年名校，文科实力突出，同时理科专业如计算机、化学等也具备一定优势。
3. 河南理工大学：以工科见长，尤其在矿业工程、安全工程等领域表现突出，适合对工程技术感兴趣的考生。

二、其他可报考院校

1. 河南工业大学：以食品、粮食加工为特色，工科实力较强，适合有相关兴趣的考生。
2. 河南科技大学：工科和医学学科并重，尤其是机械工程、临床医学等专业值得考虑。
3. 华北水利水电大学：水利、电力等相关专业全国领先，是相关领域考生的理想选择。

三、选择建议

1. 专业匹配度：优先选择与自身兴趣和职业规划相符的专业，例如工科考生可关注河南理工大学或河南工业大学。
2. 地理位置：郑州大学和河南大学位于省会郑州，生活便利，而其他院校多分布在省内其他城市，考生可根据个人喜好选择。
3. 学校特色：如郑州大学的综合实力、河南理工大学的工程技术特色等，都是重要参考因素。

四、总结

河南理科540分的考生在选择大学时，应综合考虑学校排名、专业实力、地理位置和个人兴趣，优先选择“双一流”大学或具有鲜明特色的院校，以确保未来的学业和职业发展更具竞争力。