二级建造师在第二年可以选择全报，也可以选择只报考未通过的科目 。具体选择哪种方式，可以根据个人的实际情况和复习情况来决定。

1. 第二年全报 ：如果第一年内已经通过了两门科目，且感觉自身准备充分，可以选择在第二年报考所有科目。这样可以更高效地利用时间，争取早日获得二级建造师证书。

2. 第二年只报未通过的科目 ：如果第一年内只通过了一门科目，或者感觉时间紧张，可以选择在第二年只报考未通过的科目。这样可以在第二年集中精力复习并通过剩下的科目。

3. 老考生身份 ：对于第二年继续报考的考生，可以以老考生的身份报名，只报考第一年未通过的科目。

4. 成绩有效期 ：二级建造师的成绩有效期为两年，因此在一个滚动周期内（两年）必须通过所有科目（三门）才能申请证书。

综上所述，二级建造师在第二年可以根据自身情况选择全报或只报未通过的科目。建议根据自己的实际情况和复习进度，做出最合理的选择。