车辆运输证过期三个月的处理方式如下，分情况说明：

一、逾期未处理的处罚措施

1. 罚款 ：根据《道路运输条例实施细则》第六十七条，逾期未处理的罚款为原处罚金额的3%。

2. 暂扣证件 ：可暂扣运输证、驾驶证、行驶证，暂扣期一般为3个月，期间车辆禁止营运。

3. 吊销证件 ：若逾期情节严重，可能被吊销运输证及相关证件，并列入失信名单。

二、补办或注销流程（针对已过期证件）

1. 补办条件 ：若证件已失效（如超3年未审验），需在公告期内（如2025年3月4日前）到原发证机关申请注销。

2. 补办材料 ：需携带机动车检测报告、驾驶证、行驶证、从业资格证等，到运管机构办理补审手续。

3. 补办流程 ：提交申请→审核材料→签发新证（有效期最长1个月）→公告作废→领取新证。

三、注意事项

• 逾期未处理将面临罚款、扣车等法律后果，建议尽快补办。

• 若证件已失效且未在有效期内补办，车辆将无法合法营运。

以上信息综合自权威法规及最新公告。