南开大学当前面临的主要问题集中在经费短缺、学科发展滞后及部分管理争议等方面，具体如下：

1. 经费严重不足

   2023-2025年连续三年预算增长乏力，2025年仅增长2.75%，远低于清华等顶尖高校。经费短缺导致基础设备更新滞后，科研投入不足，甚至出现人才流失现象。

2. 学科发展与排名下滑

   在“双一流”建设高校评选中，南开排名逐年落后于清华、北大，学科评估中A+学科数量较少。新工科建设滞后，基础学科优势未能有效转化为应用型成果，与浙大、北航等高校的差距逐渐拉大。

3. 管理争议与师德问题

   近期发生多起教师违规事件，包括隐瞒婚史、违反教学纪律等，引发社会关注。学校虽已启动调查，但处理结果和整改措施尚未完全公布，暴露出管理机制的薄弱环节。

4. 精神气质与时代脱节

   部分学者认为南开在行政化倾向、科研投入与市场需求的匹配度上存在问题，例如过于依赖基础学科而忽视新工科发展，导致毕业生就业竞争力下降。

总结 ：南开大学当前处于转型期，需在经费筹措、学科创新及管理改革上加大突破，以重振百年名校的学术地位。