低保核查通常不会直接查询个人支付宝账户余额，但存在以下特殊情况：

1. 一般情况不查

   政府部门在核查低保时，主要通过入户调查、邻里访问等方式核实家庭经济状况，通常不会直接查询支付宝、微信等电子支付账户余额。

2. 大额资金流动可能被关注

   若家庭成员的支付宝账户存在异常大额资金流动（如频繁转账、收到不明款项等），可能触发核查机制，导致进一步调查。

3. 核查权限与隐私保护

   根据《城市居民最低生活保障条例》，核查需遵循合法程序，保护个人隐私。民政部门仅能对申请者提供的银行账户等明确信息进行抽查，不会随意扩大查询范围。

4. 举报或政策调整可能变化

   若存在举报或地方政策调整，核查力度可能增强。例如，部分地区已将电子支付账户纳入财产核查范围，但需以当地具体规定为准。

建议 ：低保户无需过度担忧账户隐私，但需注意资金流向的合理性，避免因异常交易影响核查结果。若对核查流程有疑问，可咨询当地民政部门获取最新政策。