5000平米工厂厂房的物业费需结合政府指导价、合同约定及服务内容综合确定，具体如下：

1. 政府指导价参考标准

   物业费通常按政府指导价收取，分为四个等级：

   • 一级：1.00元/㎡/月

   • 二级：0.75元/㎡/月

   • 三级：0.5元/㎡/月

   • 四级：0.35元/㎡/月

   （具体标准因地区而异，需以当地物价局或住建局公布为准）。

2. 合同约定优先原则

   实际费用以物业服务合同中约定的单价为准。若合同未明确或存在争议，可参考当地政府指导价或通过法律途径解决。

3. 费用构成说明

   物业费通常包含基础服务（如安保、保洁、绿化等），部分园区可能额外收取装修押金（如5000元/间）、垃圾清运费（如5元/㎡）等。

4. 合理性审查建议

   若物业费远超市场平均水平（如1.5元/㎡/月），需结合服务质量、服务内容及合同条款判断是否合理，必要时可主张减免或赔偿。

总结 ：建议优先查看租赁合同中的具体条款，若无明确约定，则以当地政府指导价为基础，并保留合同作为**依据。