一级建造师考试第二年报名时，如果考生 已经通过了一门科目 ，那么在第二年报名时，应该选择报考剩余未通过的科目，而不是重新报考全科。这是因为一级建造师考试成绩实行的是滚动管理办法，即考生在连续的两个考试年度内需要完成全部科目的考试，才能取得一级建造师资格证书。

具体来说，如果考生在第一年内通过了一门科目，那么在第二年的报名时，应该选择报考其他未通过的科目。如果考生在第一年内没有通过任何科目，那么在第二年的报名时，仍然需要报考全科。

需要注意的是，一旦考生确认并支付了报名费用，将不能对所填写的报考信息进行修改。因此，在报名时，考生需要仔细核对所填写的信息，确保无误后再进行缴费。

综上所述，对于一级建造师考试第二年报名的情况，如果考生已经通过了一门科目，应该选择报考剩余未通过的科目，而不是重新报考全科。考生在报名时应该仔细核对所填写的信息，并在确认无误后再进行缴费，以确保报名过程顺利。