硕士论文抽检不合格可以修改，但需根据问题严重程度采取不同措施。具体处理方式如下：

1. 修改与重新提交

   若论文存在轻微问题（如格式错误、参考文献标注不规范等），学校会要求限期修改后重新提交审核。部分高校允许在毕业后进行3次查重修改机会。

2. 严重问题处理

   若存在学术不端（如数据造假、抄袭率超30%等），学校可能直接撤销学位、注销证书，并禁止3年内申请学位。此时需配合调查，提供修改方案。

3. 整改与责任追究

   • 学校会对存在问题论文比例高的高校进行问责，包括减少招生、停招甚至取消学位授予权。

   • 导师可能因指导不力面临停招风险。

4. 处理流程

   • 学校通知后需在规定时间内完成修改并重新提交；

   • 复评时若仍有不合格意见，可能直接认定为“存在问题学位论文”；

   • 修改后需通过校内初审、外审及省审，合格后方可恢复学位。

建议 ：若论文被抽检，应立即与导师沟通问题所在，按照学校要求及时修改。若涉及学术不端，需主动配合调查并承担相应后果。