广州市委书记万庆良被查原因主要包括利用职务便利谋取私利、索取和收受巨额贿赂，以及严重违反中央八项规定。以下是具体原因分析：

1. 受贿行为

万庆良在担任多个职务期间，利用职权为他人提供便利，索取或收受巨额财物。例如，他通过帮助企业和个人在项目开发、规划调整、职务晋升等方面谋取利益，非法收受财物折合人民币1.1125亿元，是十八大以来受贿金额最高的落马省部级官员之一。

2. 严重违纪

万庆良多次违反中央八项规定精神，频繁出入私人会所，并存在权钱交易行为。例如，他曾在揭阳主政期间涉及“30亿”市政工程中的利益交换，与商人建立不正当关系。

3. 腐败链条的牵涉

万庆良案还牵涉到多名地方官员和企业家，包括广州市国土房管局局长李俊夫、花都区委书记杨雁文等。这些案件显示，其腐败行为不仅局限于个人，还涉及广泛的政商关系网络。

4. 反腐风暴的背景

万庆良被查发生在2014年“6月反腐风暴”期间，当时一个月内有5名省部级高官落马。这表明中央对反腐败的高压态势，也凸显了万庆良案在全国反腐行动中的重要地位。

总结

万庆良案不仅反映了其个人的严重违纪违法行为，也揭示了地方政商关系中的深层次问题。此案的处理，彰显了中央反腐的坚定决心，同时为其他地方官员敲响了警钟。