学校因考试不合格不发毕业证的行为是否合法，需结合具体教育阶段和学校规定综合判断，主要分为以下情况：

一、义务教育阶段（初中/高中）

1. 合法性依据

   根据《义务教育法》，学生完成规定学业（包括考试合格）后，有权获得毕业证。若因成绩不合格导致未达标，学校可要求补考或重修，补考合格后仍应发放毕业证。

2. 申诉途径

   若学校拒绝补救或处理不当，可向当地教育部门申诉，提供成绩单、沟通记录等证据，要求重新审核。

二、高等教育阶段（大学/中专）

1. 合法性依据

   学校有权根据学业标准（如课程成绩、学分要求）决定是否发放毕业证。若学生因考试不合格未达标，需完成补考、重修或重修后仍达标，方可获得毕业证。

2. **途径

   • 协商解决 ：与学校沟通，了解具体原因并申请补救；

   • 教育部门投诉 ：向学校所在地教育局申请复议或投诉，提交证据要求介入；

   • 法律诉讼 ：若学校拒绝合理补救且构成违法（如未提供补考机会），可咨询律师准备诉讼。

三、特殊情形处理

• 疾病等不可抗力 ：若因突发疾病导致考试不合格，可提供证明申请延期或特殊安排；

• 重大违规行为 ：若存在作弊、旷课等严重违纪行为，学校可能依法扣留或拒发毕业证。

总结 ：学校行为是否违法需结合教育阶段和具体规定判断。义务教育阶段学生权益受更强保护，高等教育阶段则侧重学业标准。建议优先与学校协商，协商无果再通过教育部门或法律途径**。