新疆共有两所​​211工程​​高校，分别是​​新疆大学​​和​​石河子大学​​，同时这两所高校也入选了第二轮​​双一流​​建设高校名单。新疆地区没有传统意义上的“985工程”高校。

新疆大学是新疆地区唯一的“双一流”建设高校（B类），入选学科包括化学、计算机科学与技术，同时其马克思主义理论、数学、理论经济学等学科也具有较强实力。值得注意的是，新疆大学在首轮“双一流”学科评估中被给予公开警示，但其化学和计算机科学与技术学科在2022年第二轮名单中得以保留。石河子大学同样为“211工程”和“双一流”建设高校，其化学工程与技术学科为优势领域，并通过“部省合建”政策获得支持。作为重点农林类院校，新疆农业大学和中国农业科学院新疆分院也为区域农业科技发展提供了重要支撑，但这两所高校未列入“211”序列。新疆的“211”高校在地理位置、学科特色和资源投入等方面具有独特优势，尤其是随着国家对边疆教育事业的支持力度加大，两所高校正逐步强化科研能力与学术影响力。