自动挡驾驶证（C2）不能为手动挡驾驶证（C1）扣分，因为两者存在等级差异，C1可以替C2扣分，但C2不能反向操作。以下是具体分析：

1. 驾照等级差异
   C1（手动挡）的准驾范围包含C2（自动挡），因此C1属于更高等级驾照。交通法规规定，高等级驾照可为低等级扣分，反之则不行。例如，C1持有者能用自己驾照为C2车辆处理违章，但C2持有者无法为C1车辆代扣分。

2. 扣分规则限制
   扣分需严格匹配驾照类型与车辆要求。若用C2驾照为手动挡车辆扣分，系统会判定**“准驾车型不符”**，导致操作失败。代扣分需提供扣分人身份证、驾驶证及违章车辆行驶证，进一步确保合规性。

3. 违规驾驶的后果
   若C2驾照持有者驾驶手动挡车辆，不仅无法代扣分，还会因**“驾驶与准驾车型不符”**面临扣9分、罚款200-2000元，甚至拘留15天的处罚。

自动挡与手动挡驾照的扣分规则明确，C2不能为C1扣分，且违规操作将引发严厉处罚。建议驾驶员严格遵守准驾车型规定，避免法律风险。