惠农补贴资金发放管理存在的主要问题可归纳为以下五类，结合权威信息源整理如下：

一、资金监管与违规行为

1. 截留挪用现象

   部分村干部通过虚增土地面积等手段骗取退耕还林补助资金，暴露出监管漏洞。

2. 骗取套取问题

   存在虚报冒领、截留挪用补贴资金的情况，如“雁过拔毛”式操作。

3. 制度机制缺陷

   部分地区未严格执行财政部等部门的指导意见，导致资金分配、核算等流程不规范。

二、发放流程与执行问题

1. 流程不规范

   申报、审核、公示等环节存在疏漏，导致补贴资金分配不科学、发放不及时。

2. “一卡通”管理不足

   部分地区未落实“一卡通”制度，存在资金发放渠道不畅、查询不便等问题。

三、历史债务与统筹困难

1. 历史债务未清偿

   未妥善处理历史欠账（如农业税、公益事业支出），影响补贴资金合理分配。

2. 项目归并不合理

   相似补贴项目未统一整合，导致操作复杂、农民多次往返领取补贴。

四、部门协作与考核机制

1. 部门协调不畅

   涉及多部门、多层级管理，存在推诿扯皮现象。

2. 考核机制不完善

   部分地区未将惠农资金发放纳入年终考核，缺乏有效监督压力。

总结 ：惠农补贴资金管理问题需从加强监管、规范流程、清偿历史债务、优化部门协作等多方面入手，确保政策落实到位。