股东公司开票给自己公司属于关联交易行为，‌需符合独立交易原则、具备真实业务背景、确保价格公允‌，否则可能涉及虚开发票风险。以下是关键注意事项：

1. ‌业务真实性‌
   双方必须存在实际经营往来（如货物购销、服务提供等），票据内容与业务实质相符。虚构交易开具发票属于违法行为，将面临税务稽查处罚。

2. ‌定价公允性‌
   交易价格需参照市场同类标准，若明显偏离行业水平（如低价或高价转移利润），税务机关有权进行纳税调整并补征税款。

3. ‌票据合规性‌
   发票项目需完整填写交易双方名称、税号、商品服务明细及金额，备注栏可标注"关联交易"但非强制要求。电子发票与纸质发票效力相同。

4. ‌税务申报同步‌
   双方企业需在增值税、企业所得税申报表中如实体现该笔交易，确保收入成本匹配。跨境关联交易还需准备转让定价文档备查。

5. ‌风险规避建议‌
   定期留存合同、物流单据、付款凭证等交易佐证材料；年度关联交易额超500万元的企业需主动申报《关联业务往来报告表》。

关联交易本身合法，但企业需通过完整证据链证明交易合理性。建议提前与税务机关沟通复杂交易模式，避免后续争议。