股东代持的公司倒闭时，实际出资人需优先确认代持协议有效性，依法申报债权或主张股权权益，并通过清算程序或法律途径解决归属问题。

1. 明确代持关系与协议效力
   代持协议是处理股权归属的核心依据。若协议合法且条款清晰，实际出资人可依据约定主张权益；若存在争议，需通过法律程序确认股权归属，避免因协议模糊导致权益受损。

2. 参与破产清算与债权申报
   实际出资人需及时向破产清算组申报债权，提供代持协议、出资证明等材料。清算财产优先偿还债务后，剩余部分按股权比例分配，但股东权益通常劣后于普通债权人。

3. 解除代持关系的法律途径
   若代持关系影响权益，可通过协商或诉讼解除协议。例如，要求代持人配合股权变更登记，或通过法院判决确认实际出资人身份，但需注意诉讼成本与周期。

4. 股权转让后的特殊情形
   若公司破产前已完成股权转让，债务责任按转让协议划分：未完成工商变更的，受让方可终止付款；已变更的，原股东可能仍需承担未缴出资对应的债务。

总结：实际出资人应主动留存证据、跟进破产程序，必要时寻求法律支持，以最大限度减少损失。