研发费用特殊收入主要包括​​研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品等副产品收入​​，以及​​研发活动直接形成产品或作为产品组成部分对外销售对应的材料费用​​。​​政府补助用于研发时若会计冲减费用且税务未确认为应税收入​​，也需按冲减后余额计算加计扣除。

1. ​​下脚料、残次品与中间试制品收入​​：研发过程中产生的废弃物或半成品销售所得，需从当年归集的研发费用中扣减，不足扣减则加计扣除额归零。例如，试制模具的残次品变卖收入需冲减研发费用。
2. ​​研发产品直接销售的材料费用​​：若研发成果直接作为商品销售（如新药样品），其材料费用不得加计扣除。跨年度销售的，需在收入确认年度冲减对应材料费，并允许结转后续年度补扣。
3. ​​政府补助的税务处理差异​​：采用净额法核算的政府补助若冲减研发费用，需以冲减后余额为加计扣除基数；若税务确认为应税收入，则全额研发费用仍可加计扣除。

企业需注意特殊收入的合规处理，避免因冲减不当导致税收风险，同时合理规划研发项目与收入确认时点以优化税负。