西电杭州研究院作为西安电子科技大学在杭州设立的新研究院，尽管在多个方面表现出色，但也存在一些缺点。以下是一些主要的缺点：

1. 基础设施不完善：由于西电杭州研究院是分三批建设，第一批建设可能刚刚完工或者是还没有完工，所以第一批去的同学可能住的方面不是特别好，可能日常会住酒店或者公寓，而且上课的时候也可能会听到外边的施工声音。

2. 师资力量不足：尽管西电杭州研究院已经引进了大量的高端人才，但与本部相比，师资力量可能仍然不足，部分学生可能会碰上兼职导师，影响教学质量。

3. 校园环境陌生：对于刚入学的学生来说，校园环境可能比较陌生，需要一段时间来适应。

4. 考研难度相对较低：虽然西电杭州研究院的考研难度相对较低，但这并不意味着其学术水平不如本部，只是由于报考人数和试卷难度的差异。

5. 产教融合模式仍在探索中：作为新建的研究院，西电杭州研究院的产教融合模式仍在不断探索和完善中，可能会有一些不确定性和挑战。

总的来说，西电杭州研究院作为一所新兴的研究院，在基础设施、师资力量、校园环境、考研难度和产教融合模式等方面还存在一些不足之处。随着时间的推移和建设的推进，这些问题有望逐步得到解决。