关于自考拥有两个准考证号的问题，综合权威信息整理如下：

一、多准考证号的影响

1. 考试参与与成绩管理

自考考生可持多个准考证号参加考试，但需注意：

• 同一考生在同一专业或同一地区只能保留一个有效准考证号，重复使用可能导致成绩重复或考试资格受限。

• 若在不同省份参加考试，会获得对应省份的准考证号，考籍档案会分别管理。

2. 毕业申请与成绩合并

• 毕业时需将所有有效准考证号下的成绩合并到 一个主准考证号 上，重复科目可保留首次通过记录，无需重复考试。

• 建议考生尽量保持长期使用单一准考证号，避免因信息混乱影响毕业流程。

二、特殊情况处理

• 重复科目与考籍关系

若不同准考证号涉及同一专业重复科目，需以 后取得的准考证号 记录为准，先取得的科目成绩可申请免考。

• 考籍与学籍差异

自考没有学籍，只有考籍。多考籍不会影响学历有效性，但需注意考籍与缴费、现场确认等流程的关联性。

三、建议与注意事项

1. 规范管理准考证

• 尽量保持长期使用单一准考证号，避免因信息变更导致重复报名或成绩丢失。

• 定期检查准考证状态，及时注销无效或长期未用的准考证号。

2. 关注地区政策差异

• 不同省份对多准考证号的管理规则可能略有不同，建议以当地教育考试院最新通知为准。

综上，拥有两个准考证号在自考中是允许的，但需合理规划使用并规范管理，以确保考试和毕业流程的顺利进行。