水利监理工程师的证书发放涉及多个部门，具体取决于证书的类型和级别。在中国，监理工程师分为土木建筑工程、交通运输工程、水利工程三个专业类别，每个类别的证书颁发机构有所不同。

对于水利工程专业的监理工程师而言，其职业资格证书由人力资源社会保障部统一印制，而住房和城乡建设部、交通运输部、水利部则根据各自的专业类别，在证书上加盖印章。特别地，水利工程监理工程师的证书是由水利部与人力资源社会保障部共同颁发的。这意味着，取得水利工程监理工程师资格的人员，需要通过由这两个部门共同组织或认可的相关考试，并在满足一定的条件后，才能获得相应的资格证书。

进一步地，如果想要成为注册监理工程师（水利工程），那么除了上述的基本资格证书外，还需要经过注册程序。这一过程涉及到取得《水利工程建设监理工程师资格证书》之后，由国务院水行政主管部门批准注册并颁发《水利工程建设监理工程师注册证书》。这里的国务院水行政主管部门通常指的是水利部，因此可以理解为水利部在注册阶段也会参与到证书的颁发过程中来。

对于一些特定的水利工程监理员证书，它们可能由地方上的水利电力部门，即当地水利厅直接颁发，或者由其下属的水利工程协会负责。这表明，在某些情况下，地方性的水利监理员证书的发放可能会由地方政府部门或其授权的相关行业协会来进行管理。

水利监理工程师的证书发放主要由水利部和人力资源社会保障部共同负责，特别是在国家级别的证书方面。而对于地方性的水利监理员证书，则可能是由当地的水利厅或是相关的行业协会来颁发。这些安排确保了监理工程师不仅具备必要的专业知识和技术能力，同时也符合国家对监理行业的规范要求，保证了监理工作的质量和专业性。

值得注意的是，随着国家政策的变化以及行业的发展，具体的发证流程和负责部门可能会有所调整。因此，对于希望获取最新信息的人来说，建议直接咨询相关政府部门或查阅最新的官方文件以获得最准确的信息。例如，中国水利工程协会作为水利监理证书的主要颁发机构之一，也承担着重要的角色，特别是对于那些寻求更高级别认证的专业人士来说。