档案局局长与档案馆长的主要区别在于他们的职责、所属机构以及在组织结构中的位置。以下是具体区别：

1. 职责差异：档案局作为国家档案行政管理部门，负责全国档案事业的统筹规划与管理。而档案馆则是负责收集、保管档案的机构，旨在接收、征集、管理档案并开展。

2. 所属机构差异：在2018年党政机构改革前，档案馆与档案局采用一套人马两块牌子的方式合署办公。档案局为参公事业机构，行使辖区内档案事务行政管理职责。其在职在编人员使用事业编制但享受公务员待遇。档案馆作为档案局的二级事业机构存在，馆长由局长兼任，设专职副馆长，行使档案馆日常事务管理。

3. 组织结构中的位置差异：党政机构改革后档案局行政管理职能被收归委办，不再保留档案局参公独立设置，全部改为公益一类，与档案馆整合作为独立事业机构提供档案服务职责，级别一般为正处，少数地市降格为副处。

综上所述，档案局局长与档案馆长在职责、所属机构以及在组织结构中的位置上存在明显差异。这些差异反映了他们在档案管理工作中的不同角色和功能。