根据搜索材料和相关政策，注册会计师（CPA）考试在报考科目数量上没有明确限制，考生可以自由选择报考的科目数量。因此，报考三门科目但实际只参加其中两门的考试是可行的

以下是一些具体的解释：

1. 1.报考灵活性：注册会计师考试允许考生根据自身情况选择报考的科目数量。考生可以一次报考1-6门科目，也可以选择只报考部分科目
2. 2.实际操作：根据中国注册会计师协会的规定，专业阶段的六门科目可以分批次报考，没有明确要求一次必须全部报考。因此，如果考生报名时选择了三门科目，但实际只想考其中两门，这是完全可以的
3. 3.注意事项：虽然可以选择只考部分科目，但弃考可能会带来一些不利影响，如浪费考试资源、经济损失以及影响个人备考计划等
4. 4.成绩有效期：注册会计师专业阶段的单科考试合格成绩在五年内有效。因此，考生需要合理安排时间，确保在五年内通过所有专业阶段的科目

报考三门科目但只参加其中两门的考试是可行的，但考生需要权衡利弊，合理安排备考计划。