工程咨询收费标准文件主要有以下几个：

1. 《建设项目前期工作咨询收费暂行规定》 ：

• 由国家计委于1999年公布，明确了“按建设项目估算投资额分档收费标准”以及“调整系数”和“工程咨询人员工日费用标准”。

• 该规定适用于项目投资在3000万元以下的情况，由省级物价部门制定收费标准。

2. 《关于规范环境影响咨询收费有关问题的通知》 ：

• 由国家计委和国家环境保护总局发布，规定了环境影响评价报告的收费实行政府指导价，以估算投资额为计费基数。

3. 《关于推进全过程工程咨询服务发展的指导意见》 ：

• 由国家发展改革委住房城乡建设部发布，提出了全过程工程咨询服务酬金的两种取费方式：叠加法和成本加酬金法。

• 该文件还鼓励投资者或建设单位根据咨询服务节约的投资额对咨询单位给予奖励。

4. 《工程造价咨询服务收费》 ：

• 由中国建设工程造价管理协会于2013年发布，采用差额定律分档累进方法计算基准价，并考虑专业工程复杂程度、所在地区及折扣等因素进行调整计算。

这些文件为工程咨询行业提供了收费的指导和依据，确保收费的合理性和透明度。在实际应用中，工程咨询机构通常会根据项目的具体情况和委托方的需求，参照这些标准进行收费。