科目三补考费是可以通过网上缴纳的。以下是两种常见的网上缴费方式及其流程：

1. 通过交管12123手机APP缴纳

流程如下：

1. 打开交管12123手机APP：确保你已经下载并安装了交管12123手机APP。
2. 登录账号：输入你的账号和密码进行登录。如果尚未注册，请先点击注册，并按照要求填写相关信息完成注册后再返回登录。
3. 进入主页：成功登录后，进入APP主页。
4. 点击“更多”：在主页中找到并点击“更多”选项。
5. 找到“考试费缴纳”：在驾驶证业务栏目中找到“考试费缴纳”选项并点击。
6. 选择未缴费科目：进入缴费页面后，点击未交费栏目，选择你需要缴纳补考费的科目三。
7. 完成缴费：按照页面要求完成缴费操作。

2. 通过网上交通安全综合服务管理平台缴纳

流程如下：

1. 登录平台：打开网上交通安全综合服务管理平台，使用你的账号和密码登录。
2. 选择地区：登录后，选择你所在的省份和地区。
3. 进入业务办理：在首页上方找到“业务办理”选项并点击进入。
4. 找到“考试费缴纳”：在驾驶证业务栏中找到“考试费缴纳”选项并点击。
5. 选择科目三：在考试费缴纳页面中，选择你需要缴纳补考费的科目三。
6. 完成支付：根据页面提示选择支付方式，并完成支付操作。

其他注意事项

• 考前训练：缴费后，你可能有机会参加考前的适应性训练和学习，这可以提高你的考试通过率。
• 乱收费投诉：如果驾校存在乱收费的情况，你可以拨打12358热线进行投诉。
• 考试机会：每人有5次预约机会，每次预约中有一次正式考试机会和一次补考机会。

希望这些信息对你有所帮助！如果在缴费过程中遇到问题，可以尝试重启手机或联系客服寻求帮助。