是的，本科阶段自考第二学历是可以参加研究生考试的 。根据《中华人民共和国高等教育法》和《高等教育自学考试暂行条例》，高等教育自学考试的毕业生享有与普通高校毕业生相同的待遇，包括报考研究生考试的权利。此外，多个来源的信息也确认了这一点，例如：

1. 自考本科毕业生，不论是否已取得学位，只要获得本科毕业证书，就能按照大学本科毕业生身份报考全国硕士研究生统一招生考试。

2. 自考本科是国家承认的学历，可以用来考研、考公务员、升职加薪和出国留学等。

3. 只要是本科就不算同等学力，可以考研。

4. 自考本科后不需要以专科毕业两年后以同等学力考研，同等学力考研受限制比较大。

因此，如果你已经获得了自考本科毕业证书，就可以直接按照本科生的身份报名参加研究生考试。需要注意的是，一些院校可能会对非全日制学历的研究生报考有额外的要求，例如需要提供成绩单或证明同等学力等，具体要求建议咨询目标院校或相关考试机构。