​​长三角地区汇集了众多顶尖高校，其中复旦大学、上海交通大学等8所高校组成“华东八校”，是中国最顶尖的学府，涵盖文理工医等学科，还有众多“双一流”建设高校。​​

​​上海市​​的代表性高校包括​​复旦大学​​（中国人自主创办的第一所高校）、​​上海交通大学​​（首批C9联盟成员，理工科突出）、​​同济大学​​（建筑与土木工程强校）、​​华东师范大学​​（师范类顶尖）、​​华东理工大学​​（化工特色）、​​东华大学​​（纺织学科领航）、​​上海财经大学​​（财经类领先）、​​上海大学​​、​​上海外国语大学​​、​​上海中医药大学​​、​​上海海洋大学​​、​​上海体育学院​​、​​上海音乐学院​​，以及​​第二军医大学​​。

​​江苏省​​高校资源丰富，如​​南京大学​​（C9联盟成员，文理综合实力强）、​​东南大学​​（工科为主）、​​河海大学​​（水利特色）、​​江南大学​​（食品与轻工）、​​南京农业大学​​、​​中国矿业大学​​、​​南京航空航天大学​​、​​南京理工大学​​、​​南京师范大学​​、​​苏州大学​​、​​中国药科大学​​、​​南京林业大学​​、​​南京信息工程大学​​、​​南京邮电大学​​、​​南京中医药大学​​。

​​浙江省​​的高校中，​​浙江大学​​是国内综合实力排名前三的高校，涵盖理工农医等学科；​​宁波大学​​、​​中国美术学院​​也颇具特色。

​​安徽省​​则是​​中国科学技术大学​​（C9联盟成员，理科与前沿科技突出）、​​安徽大学​​、​​合肥工业大学​​的所在地，后者工科实力较强。长三角通过成立“长三角可持续发展大学联盟”等合作机制，推动高校资源共享。区域内的历史文化与自然环境也为学术研究提供了独特背景。