初中入团档案会放入个人档案中。

在初中阶段，当学生成为共青团员后，其入团志愿书及相关材料会作为个人档案的一部分进行存档。这些档案材料通常包括入团申请书、入团志愿书、团组织关系证明等。这些文件记录了个人在初中阶段的政治面貌和思想发展情况，是个人成长历程中的重要部分。

入团档案的重要性

1. 政治身份的证明：入团档案是个人政治身份的重要证明，它表明个人在初中阶段已经加入了中国共产主义青年团，具有团员身份。
2. 思想发展的记录：入团档案中包含了个人的入团申请书和志愿书，这些文件记录了个人在初中阶段的思想认识、政治态度和对团组织的理解，是个人思想发展的重要记录。
3. 组织关系的衔接：入团档案还包含了团组织关系证明，这些证明文件用于在个人升学、就业等过程中，与相关单位或组织进行团组织关系的衔接和转移。

入团档案的管理和存放

1. 学校管理：在初中阶段，入团档案通常由学校团委或相关部门进行管理。学校会将学生的入团材料进行整理、归档，并妥善保管。
2. 个人档案的组成部分：当学生毕业后，其入团档案会作为个人档案的一部分，转入相应的高中、大学或就业单位。在个人档案中，入团档案会与其他学习、工作等材料一起，全面记录个人的成长和发展历程。
3. 长期保存：入团档案作为个人档案的一部分，通常会被长期保存。它不仅在个人的学习和就业过程中发挥作用，也可能在未来的政治审查、职称评定等过程中被参考和使用。

初中入团档案作为个人档案的重要组成部分，记录了个人在初中阶段的政治面貌和思想发展情况，并在个人的成长和发展过程中发挥着重要作用。