团员证有涂改痕迹是否有影响，取决于涂改的性质和程度。 若为轻微笔误且不影响关键信息识别，通常只需向团组织说明情况即可；若涂改涉及编号、籍贯等核心内容，则需申请换发新证或提交证明材料；故意伪造或变造证件可能面临纪律处分甚至法律责任。以下是具体分析：

1. 轻微涂改的处理
   如涂改属于笔误（如错别字、编号个别数字错误），且未遮盖原始信息，可向所在团支部提交书面说明，并附身份证、户口本等辅助证明。团组织核实后可能直接认可或要求补充材料，一般不会影响证件效力。

2. 关键信息涂改的应对
   若涂改涉及团员编号、姓名、籍贯等核心字段，需立即申请换发新证。流程包括：填写《团员证补办申请表》、提供涂改前证明（如复印件或电子档案）、由团委审核后重新制证。故意涂改可能需接受警告等纪律处分。

3. 法律与纪律风险提示
   涂改若被认定为伪造、变造证件，可能违反《中国共产主义青年团章程》，需承担团内处分；若用于欺诈等违法行为，还将面临法律追责。建议主动报备并配合调查，以降低负面影响。

遇到涂改问题，应及时联系团组织，根据实际情况选择更正、换证或接受处理，保持诚实沟通是关键。