养殖业国家扶持项目的申请部门需根据具体政策类型确定，主要涉及以下部门：

1. 农业农村部（畜牧兽医局）

   负责统筹全国养殖业政策，包括生猪、奶牛等畜禽养殖补贴，以及畜禽粪污资源化利用、农业绿色发展等专项项目。例如《关于实施养殖业节粮行动的意见》由畜牧兽医局主导。

2. 国家发改委

   主要负责高效设施农业项目申报，如规模化养殖小区资助（需25头能繁母猪以上），补贴金额可达20-40万元，需通过省部级审核。

3. 农业局/农委

   县级及以上农业部门负责具体补贴申报，如种养殖补贴、农业综合开发项目等。不同科室分管不同领域，如市场与信息科、产业化办公室等。

4. 畜牧局

   专项管理畜禽养殖补贴，如规模化养殖、示范养殖项目，补贴额度较大（约10万元以上）。

5. 财政局

   负责资金拨付与监管，需配合农业、畜牧等部门完成项目申报与验收。

建议 ：成立专业合作社或农牧公司后，主动联系当地农业局、畜牧局等相关部门咨询政策，并按流程提交申报材料。