增值税作为我国税收体系中的重要组成部分，其难点主要集中在以下几个方面，结合权威资料整理如下：

一、视同销售与进项税抵扣

1. 视同销售情形

   包括将货物交付他人代销、销售代销货物、自产或委托加工货物用于非应税项目、集体福利或个人消费、作为投资或分配给股东、无偿赠送等。 - 例如：自产设备用于集体福利需作进项税转出；代销货物需按销售额计算销项税。

2. 进项税抵扣限制

   • 非应税项目（如用于免税项目）和集体福利、个人消费的进项税不得抵扣，需做进项税转出；

   • 自产、委托加工的固定资产用于非应税项目，若已抵扣进项税，需按净值计算销项税。

二、特殊业务与税收优惠

1. 出口退税

   涉及特殊业务（如进料加工复出口）、出口情况（一般贸易与加工贸易）及税务处理，需区分适用税率和退税率；

   • 例如：出口货物需核算原材料来源以确定抵减额。

2. 免税项目与销售额换算

   免税项目或非应税劳务销售额不得进行不含税换算，直接按销售额计算；

   • 例如：销售菜籽收入100万元，计算增值税时无需换算为不含税收入。

三、计税方法与特殊场景

1. 简易计税与一般计税

   小规模纳税人销售自己使用过的固定资产按3%征收率，一般纳税人2009年后按13%税率；

   • 例如：小规模纳税人销售旧设备可免征增值税。

2. 特殊场景处理

   • 运输服务需区分动产租赁（13%）与光租/干租（11%）；

   • 购进境外设备出口实行免税并退税。

四、实务操作难点

1. 进项税转出计算

   需准确筛选可抵扣进项，如出版物进项税按广告版面比例划分；

   • 例如：购进发动机用于生产汽车，销售98辆可抵扣进项，剩余2辆自用需转出进项。

2. 留抵退税管理

   存在留抵税额与留抵抵欠差异、法拍房增值税处理等争议问题；

   • 例如：企业注销时需核算存货与留抵税额。

五、其他争议与前沿问题

• 银行卡跨机构清算发票 ：开具规范要求；

• 重组业务增值税处理 ：存在“不征增值税”的争议；

• 金融商品转让增值税 ：需注意特殊计税规则。

以上难点涉及增值税法规的细致条款与实务操作中的灵活应用，建议结合具体业务场景咨询专业税务机关或财税机构，以确保合规性与税务优化。