快捷指令修改应用图标后出现弹窗的解决方法如下：

一、关闭运行前询问弹窗

1. 进入快捷指令设置

   打开「快捷指令」→「自动化」→「创建个人自动化」→选择需要修改图标的应用（如微信）→添加「无」操作→关闭「运行前询问」。

2. 确保通知权限关闭

   在「设置-屏幕使用时间-查看所有活动-通知-快捷指令」中，关闭「允许通知」选项。

二、处理后台运行弹窗

若修改图标后仍出现后台运行弹窗，可尝试以下方法：

1. 重启应用后台

   关闭修改图标的应用后重新打开，或使用「设置-通用-后台应用刷新」手动刷新后台进程。

2. 检查自动化冲突

   确保未创建其他与修改图标相关的自动化触发器，避免重复触发弹窗。

三、其他注意事项

• 系统版本要求 ：部分方法（如关闭运行时通知）需iOS 15.4及以上系统支持。

• 多应用处理 ：若需同时关闭多个应用的弹窗，可创建多个自动化并叠加设置。

通过以上步骤，通常可有效解决快捷指令修改图标后出现的弹窗问题。