独立学院毕业证与本校毕业证的主要区别体现在证书印章、办学性质及社会认可度等方面，具体如下：

1. 证书印章不同

   独立学院毕业证上加盖独立学院的印章（如“厦门大学嘉庚学院”），而本校毕业证仅盖学校本部印章。例如厦门大学嘉庚学院毕业生证书需额外加盖学院公章。

2. 办学性质差异

   独立学院多为民办或合作办学，具有独立法人资格，由普通高校与社会力量合作举办；本校通常为公立高校，资金来源和办学自主性更强。

3. 社会认可度存在差异

   部分独立学院因录取分数线较低、生源质量参差不齐，社会认可度可能低于本校；但优质独立学院在特定专业领域（如实践教学、行业资源）可能具有竞争力。

4. 证书法律效力一致

   根据教育部规定，独立学院颁发的本科毕业证书与本校证书具有同等法律效力，均受国家承认。但部分情况下，用人单位可能对独立学院毕业生存在隐性偏见，需结合专业能力综合评估。

总结 ：两者证书在法律认可度上无本质区别，但形式、办学背景及社会认知存在差异。选择时建议重点考察专业实力、师资条件及个人发展需求，而非仅关注证书类型。