科目二计时无效的原因主要有以下几种：

1. 照片不清晰 ：无论是签到照片、过程照片还是签退照片，都需要拍摄清晰的脸部照片。如果照片模糊或者不是清晰的脸部照片，学时将被视为无效。

2. 未进行人脸识别或指纹识别 ：为了防止驾校代学员刷学时，一些地方的交管部门要求在开始打学时之前，学员必须先进行指纹识别或者人脸识别。如果学员在练习过程中忘记进行这些识别，学时将无法被正常记录。

3. 设备问题 ：如果用于计时的设备或系统出现故障，也可能导致学时无效。例如，上传学时信息时遇到问题，或者设备未能正确记录学时。

4. 非法操作或验证身份出错 ：如果在使用学时记录系统时存在非法操作或验证身份出错多次，学时也会被无效。

5. 培训时间不足 ：科目二培训有明确的时间要求，如果连续15分钟车辆没有移动，或者车辆脱离科目二电子围栏外培训，学时将被视为无效。

6. 照片与报名照片不符 ：如果学员的照片与报名时的照片有较大差异，比如拍摄时的姿态和角度不同，或者女生化妆过浓，也可能导致学时无效。

7. 同时学习多个科目 ：如果学员同时学习多个科目，比如科目一和科目二或科目一和科目四的理论学习有重叠，也可能导致学时审核无效。

建议学员在参加科目二培训时，确保每次拍照都清晰且符合要求，按时进行指纹识别或人脸识别，并在培训过程中注意时间要求，避免学时无效的情况发生。如果遇到学时无效的问题，应及时联系驾校或当地交通部门进行咨询和解决。