​​在公司只有两个股东的情况下，决策权通常由持股比例更高的股东掌握，但需以公司章程和股东协议为最终依据。​​若持股比例接近（如51%与49%），​​公司章程的特殊规定​​或​​股东协商一致​​可能改变决策归属；涉及重大事项（如修改章程、合并解散）时，​​需三分之二以上表决权通过​​，此时小股东可能拥有否决权。

1. ​​持股比例决定基础表决权​​
   若无特殊约定，股东按出资比例行使表决权。例如，持股60%的股东在普通事项中拥有绝对话语权，而持股40%的股东仅能参与表决但无法单方面通过决议。

2. ​​公司章程的优先效力​​
   公司章程可规定不同于出资比例的表决规则，如要求全体股东一致同意或赋予小股东特殊否决权。此类条款需在设立公司时明确写入，并符合法律强制性规定。

3. ​​重大事项的特殊门槛​​
   修改章程、增减注册资本等重大决策需代表三分之二以上表决权的股东同意。若两股东持股分别为70%和30%，大股东可单独决定；若为60%和40%，则需双方协商一致。

4. ​​股东协议的实际作用​​
   即使持股比例悬殊，股东可通过私下协议约定共同决策或轮流管理。此类协议需书面化并与章程无冲突，否则可能被认定为无效。

​​提示​​：两股东公司应提前明确决策机制，避免僵局。建议咨询专业律师制定章程和协议，确保合法性与可操作性。