农村耕地纠纷投诉可以向当地的国土资源局（或自然资源局）进行投诉，这是处理此类问题的主要负责部门。还可以向农业农村局、乡镇人民政府以及村委会反映情况。以下是详细的处理流程和相关部门职责：

1. 1.国土资源局（或自然资源局）：主要职责：国土资源局是处理农村耕地纠纷的主要部门，负责土地权属争议的调查和调解工作。如果发生耕地纠纷，村民可以向当地国土资源局提出投诉，提交相关证据材料，如土地承包合同、土地使用权证等。国土资源局将根据相关法律法规进行调查，并给出处理意见。处理流程：投诉人需填写投诉表格，提供详细的纠纷情况说明和相关证据。国土资源局受理后，将组织相关人员进行调查，并根据调查结果进行调解或作出处理决定。
2. 2.农业农村局：主要职责：农业农村局主要负责农村土地承包经营权的监督管理。如果耕地纠纷涉及土地承包经营权的问题，村民可以向农业农村局投诉。农业农村局会协助国土资源局进行调解，并提供相关政策支持。处理流程：投诉人需提供土地承包合同等证明材料，农业农村局将根据材料进行核实，并协助国土资源局进行调解。
3. 3.乡镇人民政府：主要职责：乡镇人民政府在处理农村耕地纠纷中起到协调和监督作用。如果纠纷发生在乡镇范围内，村民可以先向乡镇人民政府反映情况。乡镇人民政府会组织相关部门进行初步调查，并协调双方进行调解。处理流程：村民可以书面或口头向乡镇人民政府反映情况，乡镇人民政府将组织人员进行调查，并协调国土资源局和农业农村局进行调解。
4. 4.村委会：主要职责：村委会是村民自治组织，负责调解村民之间的纠纷。如果耕地纠纷发生在村内，村民可以先向村委会反映情况。村委会将根据村规民约和实际情况进行调解。处理流程：村民可以向村委会提出调解申请，村委会将组织村内有威望的人士进行调解，调解不成再向上级部门反映。

农村耕地纠纷投诉的主要负责部门是国土资源局（或自然资源局），但根据具体情况，村民也可以向农业农村局、乡镇人民政府以及村委会反映情况。各部门将根据法律法规和实际情况进行协调和处理，确保农民的合法权益得到保障。在投诉过程中，村民应提供详细的证据材料，以便相关部门能够快速、准确地处理纠纷。