​​协和医学院和清华的关系体现在联合办学与资源整合上，2002年教育部与卫生部批准两校共建“清华大学北京协和医学院”，2007年正式更名为“北京协和医学院-清华大学医学部”，通过强强合作打造一流医学教育体系。​​

北京协和医学院与清华大学自2002年起开启紧密合作，两校签署协议共建“清华大学北京协和医学院”，标志着我国医学教育与理工科研究深度融合的里程碑。根据协议，协和医学院的“临床医学”本科专业自2003年起纳入清华大学招生计划，考生需通过清华的招生渠道报考，并可同时选择清华其他理工科专业，形成医理工交叉培养模式。这一合作充分发挥了清华大学的综合学科优势与协和医学院的顶尖医学资源，为培养复合型医学人才奠定基础。

2006年两校签署《关于落实两部协议的实施意见》，明确协和医学院更名为“北京协和医学院-清华大学医学部”，保留独立法人地位，由两校共同管理，接受教育部和卫生部双重领导。合作内容包括整合医学教育资源、共建高水平医学院，并将协和医学院纳入清华“211工程”和“985工程”重点建设项目，确保其科研与教学获得更高层次的支持。学生学籍双挂靠，毕业证书同时加盖两校公章，体现联合培养特色。

在师资与学术方面，协和医学院延续其悠久历史，通过小规模、高层次的八年制临床医学教育体系培养精英人才，而清华大学则提供多学科资源支持，双方共同推动基础科学与临床研究的转化。协和医学院与全球顶尖院校建立合作，招收国际及港澳台学生，进一步提升国际影响力。2007年正式更名后，两校合作机制进一步深化，至今仍以“北京协和医学院-清华大学医学部”名义开展教学与科研，成为国内医学教育的标杆。

若关注医学领域的优质教育资源，北京协和医学院与清华大学的合作模式值得深入探索。