​​灵活就业申请停缴社保后仍被扣钱，通常是由于系统延迟、代扣协议未解除或欠费未结清等原因导致​​。例如，银行代扣协议未及时终止、社保系统处理滞后，或存在历史欠费需补缴，均可能触发继续扣款。以下是具体原因和应对措施：

1. ​​代扣协议未解除​​
   即使申请停缴，若未主动取消银行代扣协议，系统仍会按原约定扣款。需联系银行或社保机构终止代扣服务。

2. ​​系统处理延迟​​
   社保停缴手续需1-5个工作日生效，期间可能因系统延迟扣款。建议通过官方渠道查询缴费状态，确认停保是否生效。

3. ​​欠费未结清​​
   若停缴前存在欠费（如漏缴月份），系统可能自动补扣。需补缴欠费后重新申请停保，否则可能影响信用记录。

4. ​​缴费基数调整​​
   部分地区因社平工资上涨，灵活就业者需补缴基数差额。例如，2025年多地调整缴费基数下限，可能导致补扣1-7月费用。

5. ​​关联账户影响​​
   使用他人银行卡代扣或单位账户未减员时，需确保关联账户无代扣协议，并督促原单位办理社保减员手续。

​​总结​​：遇到停缴后扣款，建议优先通过社保APP或线下窗口核查原因，及时解除代扣协议并补缴欠费。若问题持续，可拨打12333咨询当地政策细则。