‌全国临床医学专业排名前三的院校分别是：北京协和医学院、北京大学医学部和复旦大学上海医学院。‌这三所院校凭借顶尖的师资力量、前沿的科研成果和丰富的临床实践资源，长期占据国内临床医学领域的领先地位。

1. ‌北京协和医学院‌
   作为中国医学教育的标杆，协和医学院以"小而精"著称，拥有全国最顶尖的附属医院（北京协和医院）和国家级重点学科群。其八年制临床医学培养模式被誉为"中国医学教育的黄金标准"。

2. ‌北京大学医学部‌
   依托北大综合学科优势，其临床医学在基础医学研究和转化医学领域表现突出。附属医院系统覆盖全科和专科领域，特别是第三医院在多个专科排名中位列全国前茅。

3. ‌复旦大学上海医学院‌
   长三角地区医学教育的领军者，以系统整合式课程体系和国际化办学为特色。中山医院和华山医院在心血管病、神经科学等领域的临床水平处于国际先进行列。

其他值得关注的院校包括：上海交通大学医学院（肿瘤学和儿科学见长）、四川大学华西医学院（西部医学中心）、浙江大学医学院（医工交叉特色）等。选择院校时建议结合地域医疗资源、学科特色和个人发展方向综合考虑。