驾校最怕的部门是交通运输管理部门和公安机关交通管理部门。这两个部门分别负责驾校的运营规范和培训质量的监督，是确保驾校合法合规运营的核心机构。

交通运输管理部门是驾校的主要主管部门，负责驾校的备案管理和日常监督，包括经营培训、场地训练以及教练员资质的审核。而公安机关交通管理部门则主要负责监督驾校的培训质量，确保培训过程符合《机动车驾驶培训教学与考试大纲》的要求。

交通运输管理部门和公安机关交通管理部门还负责对驾校的违法行为进行处罚。例如，如果驾校存在索取、收受学员财物或谋取其他利益等不良行为，将会被处以1000元以上3000元以下的罚款。驾校在运营过程中必须严格遵守相关法律法规，避免违法行为的发生。

交通运输管理部门和公安机关交通管理部门是驾校最怕的部门，它们对驾校的运营和培训质量进行严格监管，并对违法行为进行处罚。驾校在运营过程中必须严格遵守相关法律法规，确保合法合规运营。