如果科目二成绩已经合格但在网上查不到，可能的原因包括：

1. 系统未及时更新 ：考试成绩需要车管所工作人员上传到网站后才能查询到。由于数据上传需要一定时间，建议您等待一段时间后再进行查询。

2. 成绩无效 ：某些原因可能导致成绩无效，虽然这种情况比较少见，但如果怀疑此原因，可以联系交管部门或驾校进行确认。

3. 网络问题 ：车管所的网络可能出现问题，导致成绩未能及时上传。您可以尝试刷新网页或重新登录账户，或者联系驾校或车管所咨询具体情况。

4. 查询时间过早 ：考完后立即查询可能因为成绩未上传或系统出错而查不到。建议您在考完后的48小时内进行查询。

5. 驾校系统问题 ：驾校的系统可能出现问题，影响成绩查询。您可以联系驾校咨询具体情况。

6. 驾驶证考试成绩未传输至网络 ：成绩可能没有传输到可以查询的网络数据库中。这种情况下，您需要等待系统更新或联系车管所进行查询。

7. 成绩归档下线 ：如果成绩已经归档下线，并且正在或者已经进入了核发驾照的流程，您暂时无法直接查询成绩。

综上所述，最可能的原因是系统未及时更新或网络问题。建议您耐心等待一段时间后再进行查询，如果仍然无法查询到成绩，可以联系驾校或车管所进行咨询。