公司注销时小股东不签字的处理方式需根据具体情况选择，主要分为协商、法律程序和强制注销三类，具体如下：

一、协商与沟通

1. 优先尝试协商

   通过电话、邮件等方式与小股东沟通，说明注销的必要性和法律后果，争取其配合。若涉及经济补偿或诉求，可提出解决方案。

2. 查阅公司章程

   若章程对股东不配合有明确规定（如强制签字条款），清算组可依章程操作。

二、法律程序

1. 股东会决议解散

   若协商无果，持有三分之二以上表决权的股东可召开股东会，通过决议解散公司。此时小股东不配合签字不影响注销流程。

2. 司法强制解散

   若公司持续经营困难且其他途径无效，持股10%以上的股东可向法院提起解散诉讼。但需注意，法院通常建议先与工商部门沟通，且司法强制解散适用范围有限。

三、强制注销

1. 公告送达与清算

   • 通过报纸、公示系统公告小股东30天，公告期满后成立清算组进行清算。

   • 清算组需处理未变更的股东身份和未去名的董监，提交注销申请时说明情况。

2. 税务与工商注销

   清算完成后，依次向税务机关和工商部门申请注销，结清税款、账户余额并注销公章。

四、注意事项

• 避免诉讼风险 ：起诉小股东要求强制签字可能被驳回，法院更倾向建议与工商部门协商。

• 时效性 ：司法诉讼需注意诉讼时效（一般为1年），建议尽早采取行动。

通过上述步骤，可依法解决小股东不配合注销的问题，确保公司合法终止。