初中生学籍不在所在学校会带来多方面影响，主要涉及升学、考试、权益保障等核心问题。以下是具体分析：

一、升学与考试限制

1. 中考报名与录取

   学籍所在地是中考报名和录取的依据，学籍不在就读学校的学生无法在该校报名，必须返回学籍地参加考试。

2. 指标生名额获取

   部分地区中考指标生要求学生就读满3年，学籍不在校可能影响资格认定。

二、日常学习与权益保障

1. 借读生身份限制

   若为借读生，无法享受原校毕业证、评优评先等权益，且可能影响转学手续办理。

2. 意外伤害赔付困难

   学籍与就读地不一致时，涉及校园伤害赔付需额外证明学籍归属，处理流程复杂。

3. 老师关注度降低

   成绩不纳入班级总分，可能导致学习监督不足，影响学业进展。

三、解决方案

1. 办理学籍转接

   需向原学籍地或转入地教育局提交申请，提供身份证明、原校证明等材料，经“两校两局”协调完成转接。

2. 特殊情况处理

   若因借读导致学籍异常，可向当地教育局投诉或要求补办学籍。

建议 ：若学籍长期不在校，建议优先办理转学手续，确保升学和权益不受影响。具体流程需咨询当地教育部门或学校。