按学分制收费的高校通过将学费与课程学分挂钩，赋予学生灵活选课与弹性学制的选择权。其核心优势在于​​自主选课提升个性化学习效率​​，​​弹性学制缩短或延长学习周期减轻经济压力​​，以及​​合理退费机制保障学生权益​​。

实施学分制收费的高校通常将学费拆解为“专业注册费”和“学分学费”两部分，如浙江宁波大学规定艺术类专业每年最多注册费4000元，其他专业1400元，学分费每学分75元（可下浮）。学生完成规定学分即可毕业，未达毕业要求需额外缴费重修课程。北京市采用“预收结算制”，开学初按学年标准预收学费，学年结束时多退少补。上海等地高校提供跨校选课，例如学院路教学共同体支持多所高校学分互认。

收费标准由地方政府制定基准，多数高校单位学分定价在60至150元区间，但总费用上限与学年制持平，例如武汉大学单学分100元，中山大学66元，确保绝大多数学生总开支不增加。部分高校设置弹性奖励机制，如北京交通大学规定学分绩点前1%的学生返还全部学分费；反之，重考或补考需额外支付费用。学分制配套弹性学制，允许学生在3至6年内自主安排毕业时间，例如南京邮电大学要求转专业学生补缴转入专业注册费差额，提前或延期毕业则按实际学期结算专业学费。

高校推行学分制时需举行价格听证会并公示收费标准，确保透明度。教育部门强调严禁借学分制变相涨价，要求建立完善的退费与重修规范。选择此类高校时，建议优先评估目标课程学分单价差异及弹性学制对个人规划的适配度。