一本和三本的毕业证在本质上是相同的，均为国家承认的本科学历证书，但在证书细节和就业认知上存在一定差异。具体区别如下：

1. 证书基本信息一致

   两者均包含姓名、入学时间、专业名称、学校名称、公章等核心内容，且学历层次均为本科，学制普遍为4年（医学、法学等专业可能延长至5年）。

2. 院校名称标注差异

   一本毕业证书通常显示为“XX大学”，而三本毕业证书多标注为“XX大学XX学院”，这种命名方式使院校层次一目了然。

3. 就业认知差异

   部分用人单位可能通过证书上的院校名称或学校类型产生认知差异，倾向于优先选择标注“一本”的院校毕业生，但这种差异并非官方或法律认可，属于行业惯例。

4. 学位类型不同（仅限三本）

   三本毕业证书对应学士学位，而一本毕业证书若为研究生阶段则对应硕士学位，但本科阶段的一本和三本均无此区别。

总结 ：一本和三本毕业证在学历层次、证书内容上无本质差异，差异主要体现在院校命名和就业认知层面。建议以国家教育部门或学校官方信息为准，避免轻信非官方的“等级划分”。