中国南方最好的大学存在不同观点，综合权威信息可得出以下结论：

一、综合排名前三的大学

1. 浙江大学

   • 全国顶尖高校，以工科、农学见长，综合实力稳居南方首位。

   • 2024年综合指数达86.0，稳居南方高校前列。

2. 上海交通大学

   • 工科、商科、医学领域优势显著，学科体系完善。

   • 综合实力与浙江大学紧随其后，常被列为南方高校标杆。

3. 复旦大学

   • 基础学科实力突出，综合均衡性**，尤其在人文社科领域表现卓越。

   • 2019年曾位列南方“实力最强”高校第三。

二、其他高影响力高校

• 南京大学 ：历史底蕴深厚，人文社科、天文学等学科全国领先。

• 中国科学技术大学 ：基础科研特色鲜明，理学领域实力强劲。

• 中山大学 ：华南地区综合类高校标杆，管理、医学等学科优势显著。

总结 ：若以综合实力和学科覆盖度论，浙江大学、上海交通大学、复旦大学为南方顶尖高校；若侧重基础科研或历史底蕴，可参考中科大、南大、中山大学等高校。