科目二考试通过后，但在12123系统上显示不合格，可能的原因有以下几种：

1. 数据同步延迟 ：驾考系统和12123系统之间需要时间同步数据。建议等待1-3天后再查询成绩，看是否有更新。

2. 成绩确认 ：科目二考试合格后，需要在考试台位置签字确认。如果没有签字确认，系统可能显示不合格。

3. 系统错误 ：12123系统可能出现崩溃或数据丢失，导致显示不合格。如果怀疑系统错误，可以等待一段时间后重新查询成绩，或联系相关部门解决。

4. 操作确认 ：确认考试结束时是否有语音播报合格成绩。如果确认操作无误，并且有合格签字，通常表示已经通过考试。

5. 考试系统误判 ：考试系统可能存在误判的情况，由于技术或设备的原因，考试系统可能会错误地将合格的操作判定为不合格。

6. 操作过程中的小失误 ：学员在操作过程中可能存在一些不易察觉的小失误，导致不合格的结果。

7. 考试规则的理解不足 ：学员对考试规则的理解不足也是一个常见原因，可能导致不经意间违反规则。

建议

1. 耐心等待 ：首先，可以等待1-3天，看系统是否会自动更新成绩。

2. 确认签字 ：检查是否在考试台位置签字确认了成绩。

3. 检查语音播报 ：确认考试结束时是否有语音播报合格成绩。

4. 联系相关部门 ：如果以上方法都无法解决问题，可以联系驾考中心或驾校，或12123系统的客服部门寻求帮助。

根据以上信息，最有可能的原因是数据同步延迟或成绩确认问题。建议先耐心等待一段时间，再查询成绩，并确保已经完成了签字确认。如果问题仍然存在，建议联系相关部门进行进一步的处理。