科目二通过后交管显示不合格可能有以下几个原因：

1. 成绩未及时更新 ：驾考系统和交管12123系统之间存在数据同步的时间差，可能导致成绩未能及时更新到网上，从而显示为不合格。

2. 未签字确认成绩 ：科目二补考通过后，需要学员在成绩单上签字确认成绩。如果没有进行签字确认，那么在12123上就会显示不合格。

3. 系统错误 ：12123系统本身可能出现错误，如系统崩溃或数据丢失，这也可能导致显示不合格。这种情况下，可以等待一段时间后再次查询成绩，或者联系相关部门解决问题。

4. 数据同步问题 ：系统信息延迟或数据同步问题也是导致显示不合格的原因之一。学员完成考试后，系统需要一定时间将公安网上的最新信息同步到互联网上供学员查询。因此，在稍等一段时间后再次查询成绩，往往会看到正确的结果。

综上所述，如果科目二已经通过并且签字确认了成绩，但在交管12123上显示不合格，建议等待一段时间后再查询成绩，或者联系驾校或考试中心确认成绩是否已经正确上传。