船舶非法喷漆的处理需根据违法性质和后果采取不同措施，具体如下：

一、行政处罚

1. 一般违法处理

   若仅涉及非法喷漆行为，可处五日以上十日以下拘留，并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，罚款金额可达一千元以下。

2. 破坏财物罪处理

   若非法喷漆导致他人财产损失（如船舶损坏），可能构成故意毁坏财物罪，需依法追究刑事责任。

二、环境与安全监管

1. 环保要求

   船舶油漆作业需遵守《海洋环境保护法》和《防治船舶污染海洋环境管理条例》，未经批准擅自喷漆可能面临行政处罚。

2. 废漆处理规范

   废油漆必须交由专业机构处理，不可随意丢弃或焚烧，以防重金属等有害物质污染环境。

三、建议措施

• 加强监管 ：船舶运营方应建立密闭式涂漆车间，安装净化装置，减少有害气体排放。

• 合规操作 ：需提前向海事部门报备油漆作业，使用低VOC环保涂料。

若涉及具体案件，建议联系专业法律机构或环保部门进行详细调查处理。