低保户在支付宝账户中有6000元 一般不会被取消低保资格 。以下是一些关键点：

1. 政策变化 ：低保资格可能会因政策变化而调整，但这与支付宝账户中的存款金额无直接关系。政策变化可能源于地方对低保金发放标准的调整或对低保户资格认定的重新审核。

2. 资金使用限制 ：低保户支付宝账户中的资金可能会受到一定的限制，例如只能用于基本生活开销，不得进行投资、消费等其他非必要行为。如果低保户违反了资金使用规定，支付宝账户中的资金可能会被取消或被限制使用。

3. 资格失去 ：低保户的资格可能会因为多种原因失去，包括家庭经济状况的变化、房产、车辆等财产状况的变动，或者是因为其他原因被认定为不符合低保条件。单纯因为支付宝账户中有存款而取消低保资格的情况较少见。

4. 政府查询权限 ：政府会定期抽查低保户的财产证明，如果发现低保户有冗余财产存支付宝，可能会被认定为虚假申请，从而取消低保资格。但这需要经过调查核实，并不是仅仅因为账户中有存款就会自动取消资格。

5. 存款限额 ：一些地区可能会设定更高的存款限额，超过该限额可能会被认为有足够的财力维持基本生活需求，从而影响低保资格的认定。但6000元在大多数情况下不会被视为超过这一限额。

综上所述，低保户在支付宝账户中有6000元一般不会因此被取消低保资格。然而，具体情况还需根据当地政策和实际情况来判断，建议咨询当地民政部门以获取更准确的信息。