杨卫东被查的原因主要涉及以下几个方面：

1. 经济犯罪 ：杨卫东在担任广州市药监局局长期间，涉嫌索贿和受贿。具体来说，他被指控利用职务之便索要和收受贿赂，包括人民币、港币和美元。

2. 违反廉洁纪律 ：除了经济犯罪外，杨卫东还违反了廉洁纪律，违规发放津贴补贴，私设“小金库”用于单位开支，并利用职务便利挪用公款归个人使用。

3. 对抗组织审查 ：在调查过程中，杨卫东还违反了政治纪律，对抗组织审查。

4. 其他违纪行为 ：杨卫东还被指控违反组织纪律、群众纪律和国家法律法规，利用职务便利为个人或特定关系人谋取私利，涉嫌贪污和受贿犯罪。

这些行为严重违反了党的纪律和国家法律法规，构成职务违法并涉嫌犯罪，且在党的十八大后不收敛、不收手，性质严重、影响恶劣，因此受到了开除党籍和公职的处分，并被移送检察机关依法审查起诉。

建议：

杨卫东的案例提醒我们，作为党员领导干部，必须时刻保持高度的廉洁自律，严格遵守党的纪律和国家法律法规，不能利用职权谋取私利。同时，组织也应加强对党员干部的教育和监督，防止类似事件的发生。